حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت آقای دکتر حسن حبیبی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
با دریغ و تأسف خبر درگذشت یار دیرین انقلاب و دانشمند متعهد مرحوم مغفور آقای دکتر حسن حبیبی رحمه‌الله‌علیه را دریافت کردم.
ایشان مؤمنی صادق و پارسا و خدوم بود. تاریخچه‌ی خدمات وی به نظام جمهوری اسلامی از پیش از انقلاب و به‌هنگام تدوین پیش‌نویس قانون اساسی آغاز شده و در طول سالهای متمادی در عضویت شورای انقلاب و سپس بر عهده گرفتن مسئولیتهای بزرگ دیگر ادامه یافته است. بیماری جانکاه و طولانی وی، صبر و تسلیم و توکل او را نیز بر فهرست مزایای شخصیتی وی افزود و امید است رحمت و مغفرت و رضوان الهی شامل حال ایشان گردد. لازم میدانم به همسر گرامی و باوفای ایشان و دیگر بازماندگان و نیز به همکاران و علاقمندان به آن فقید سعید تسلیت خویش را تقدیم نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
12 بهمن 1391